Criado em 1969 pela Resolução nº 388/71, o Departamento Administrativo dos Institutos Básicos – DAIB, responsável pela atividade acadêmica dos Institutos, passou a denominar-se, pela Resolução nº 418,74, Departamento de Administração Escolar – DAE. Em 1984 pelo Ato Executivo nº 1348/84, foi reestruturado e recebeu a denominação de Diretoria de Administração Escolar – DAE, que foi transformada, em 1994, pelo Ato Executivo nº 16/Reitoria/94, em Departamento de Acompanhamento e Controle Acadêmico – DACA.

Pelo Ato Executivo de Decisão Administrativa nº 007/Reitoria/96, passou a denominar-se Departamento de Administração Acadêmica – DAA, com as atribuições pedagógicas sendo retiradas do Departamento. Em 2002 e 2010, foram atualizadas as atribuições e a estrutura hierárquica do Departamento, através dos Atos Executivos de Decisão Administrativa nº 034/Reitoria/02 e nº 017/Reitoria/10.